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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > Nature Plants(IF=15.8)| SUMO表达血清质组新方式要求!在校园营销推广活动的环节之中所构建奔驰e敞篷SUMO化血清质组统计数据库视图!

Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化绘制就是一种很重要的当地翻译后绘制,SUMO原子核在在E1活性酶、E2根据酶和E3接入酶的操作下共价根据说到底物球淀粉酶赖氨酸残基上,在操控植被成长、影响的信号传输和胁迫现象中起着很重要角色。SUMO化球淀粉酶和SUMO绘制期间中想关酶的丢失都是会以至于植被成长异样以至于意外死亡,这意味着SUMO化绘制在调植被成波波头育期间中起着核心内容角色。是因为现阶段在植被中被检测费出的SUMO化球淀粉酶人数较少,而且SUMO 化在植被中的丰度较低且最新性较高,由于检测费SUMO化球淀粉酶和 SUMO化位点是十分的具备有试练性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程博士生导师(拜谱海洋生物合伙专业家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以成立一堆种第二步赖氨酸低下SUMO生物富集的方式,营造了坐版的草本花卉SUMO化高蛋白质组信息库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英文音标题型:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

汉语大题目:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

公布中文核心期刊:Nature Plants

影向细胞因子:15.8

分析指导思想

图1的研究想法图

研究探讨最终结果

01、拟南芥K0-SUMO1蛋白酶质类物质析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,小说作家进每一步顺利通过简化的两步来完成亲和聚集技巧开始质谱分折,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化遮盖蛋白酶质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化体现蛋白酶和位点的证实

要查证不确定性的SUMO1蛋白质,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并展开了离体试验。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以证实SUMO化修饰语位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化蛋白酶和位点的离体核实(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热促发核氨基酸组的参考值相对比较

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT蛋白酶质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 源于TMT的降钙素原检测蛋白酶质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱总结

本研究从球脂肪酸组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以实现那种迅敏度最高的SUMO化蛋白酶纯化和质谱检测工具的方法。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热勾起蛋白酶酶联免疫法较为表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化表达营养素质组做为我厂地方特色表达產品,使用高效益的丰度技能、一流的Astral测试仪器可实现了SUMO化营养素和位点的高产品品质量排除。此外,王鹏程教受为拜谱厂家团全体成员,在物品研发部门的时候中为贵司展示专注建意和辅导,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

参考资料专著:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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