在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

论述数据

1、从光敏激发細胞中拆分DNA热塑核营养物质

要想分割光化学热塑淀粉酶质-DNA混合物于LC-MS深入分折，做者定制开发好几个种性质发生变化纯化计划方案，可从DNA中祛必须说化学热塑淀粉酶质，仅在直射时按照间接表观遗传组接触到生物富集DNA化学热塑淀粉酶质。用TRIZOL导出复染质并祛除逮捕获的非化学热塑淀粉酶，以后将其已经可溶性高，溶于水的以做好RNase化解吸收。按照超声检查、剪切所得的淀粉酶质化学热塑DNA的导出物，在硫氰酸胍中煮开性质发生变化，并在二氧化的硅离心分离柱上激动洗衣机清洗以祛必须说化学热塑淀粉酶质早以搞定。按照核酸酶操作从DNA中降低光化学热塑淀粉酶，并做好胰淀粉酶酶化解吸收于LC-MS深入分折。该策略命名为为淀粉酶质化学热塑DNA导出或XDNAX。

图1.血清质交连DNA去除或XDNAX程序图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可直接的接处DNA的淀粉酶质图谱

将光热塑形式利用于MCF7内部，发现了了1,805种得票率球淀粉酶，在其中1,191种具有于3个或更好次多次重复中。60%的DNA彼此用处组含带核酸切合的GO注解，在不足核酸切合注解的球淀粉酶质中，最大化的业绩原于核纤层球淀粉酶，而后是参加刺绣质阻止和内部分列的球淀粉酶质（图2）。

图2 . 可随便了解 DNA 的血清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇总了DNA相护帮助组所暗含的蛋清质-DNA表层还有其包函的核苷酸化学交联肽。这分为鉴于（1）球状DNA融入结构特征域、（2）DNA 融入混乱区（IDR）和（3）鉴于与任何蛋清质（列如组蛋清融入蛋清）、RNA（列如剪接要素）或相分离出来区室（列如核仁蛋清）相护帮助而产生的场景亲近。

图3 . 可真接碰到 DNA的格局域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法肿瘤细胞扰动当天与DNA构建的转录细胞因子

雌性敏感素药肾上腺素受体α（ESR1）驻留到胞质溶胶中，到最近发现其配体，重置易位到神经体生殖细胞结构，在那处它与人类基因组中的某些空间区域组合以激话某些的转录程序流程图。将血清饥饿的MCF7神经体生殖细胞体现于高服用量雌性敏感素药（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与虚拟处里的对比神经体生殖细胞相当什么和什么的DNA主动的效应组（图4A）。在这当中，雌性敏感素药敏感后DNA主动的效应组中的ESR1不断增加了30倍（图4B）。总的言之，在1,814个降钙素原检测的核蛋白酶质-DNA主动的效应中，约有9%表现出少于2倍的特殊变化规律，并考察到与ESR1具主动的效应的核蛋白酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌抗生素正确处理乳腺纤维癌组织细胞 DNA 互为影响组的降钙素原检测有点（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

分析参与脱色体组的蛋清质以认知它是怎样才能被获取并付诸活动的，始终是研发相关人员一种常年的追求完美。脱色体组可及性首要以DNA为平台的度角参与分析，可是，到到目前就要就要，脱色质疑胶中的哪几个蛋清质与DNA 的发生物理上的能够 能力尚不知晓。便用零间隔光热塑，可找到DNA能够 能力组中的很很多蛋清质，XDNAX的技术将成为蛋清质-DNA能够 能力分析的力量强大交通工具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、绘制组学、分解代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考选取论文资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.