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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出多方面的菌物吸附性，主要包括抗癌症和抗病力毒做用。一般而言，三萜是利用甲羟戊酸方法分解的，并从非人工草本花卉和病菌中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上文章发表了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的理论探析小论文。该理论探析找到三萜类有机物虫草酸（GA）是经过流体培育的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学导出行成的。能够转录组和核蛋白酶质组学系统设备进的一步探求无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT行成五种灵芝粉粉酸（GA）的机理，并通过多个学系统设备论文检测到的距离人类基因和距离核蛋白酶，猜测DHT 生态学合成图片 GA 的经过。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和效果各类

凭借对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体开展转录组测序共得出67230个转录本和142915个单dna。在此类单dna中，496个被检测为不同理解dna（DEGs），各举213个理解调整，279个理解上涨（图1A）。GO聚集进行数据分析后，DEGs可分生态学期间（BP）、神经細胞的成分（CC）和分子构成功效（MF）3类。在BP类目中，显现了前以下二个子类目：消炎药化解分泌转化期间，冰醋酸盐分泌转化期间和甲酸盐分泌转化期间;而在CC类目中，神经細胞外区、突触分手后复合体、突触构成是前以下二个亚类。对待MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性、钝化回归酶渗透性和酸氨（或酰胺）连结酶渗透性是前以下二个亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG径路进行数据分析中，前30条聚集度高的径路有27条应属于分泌转化，各举二氧化氮分泌转化、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌转化、丙酸盐分泌转化走势径路可观聚集（图1D）。

图1|转录类物质析和性能细分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体来做出球营养素组学做出解析，共分判定了16,457种个性肽、2606种球营养素和2588种一定量球营养素。在域值|FC|>1.2和p<0.05的选择情况下，将在2606种球营养素中，94种被检测为对比解析形容球淀粉酶（DEPs），进来52种调涨，42种下跌（图2A），图2C凸显了对比解析形容球淀粉酶的聚类算法做出解析热图。从GO做出解析来瞧，BP类目凸显，基本数DEPs利用醋酸钠盐分泌整个整个时、抗生素类葡萄糖防硫化分泌整个整个时和药物治疗葡萄糖防硫化分泌整个整个时。CC类DEPs在神经元外区、过防铁的硫化物酶体和微体中身材比例至高，防硫化恢复备份酶特异性酶类和甲酸脱氢酶（NAD）特异性酶类在MF类中DEPs的身材比例至高（图2B）。与转录组最终类似于，KEGG径路做出解析凸显，一些DEPs在分泌中丰度，进来3条最丰度的方式是光合生态学体中的碳加固、碳分泌和MAPK数字信号径路（图2D）。不仅如此，利用做出解析GO大sql语句的CC对DEPs来做出亚神经元品牌定位做出解析和注解（图2E），DEPs最具体的划分在神经元质（40.66%）、神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），原理上是GAs生态学体聚合的最具体的定位。

图2|球高蛋白组的按量数据分析和的功能核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物转为和照表组侯选DEGs和DEPs设计了维恩图，有20个不一致性抒发人类dna（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组共同拥有的DEGs/DEPs采取聚类算法阐述，表明mRNA和淀粉酶质内有16个上浮人类dna和6个调低人类dna，DEGs与此翻译英语的DEPs抒发情况呈正想关，由于Pearson的想关常数阐述，在转录组和淀粉酶质组内查重到对于较高的想关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）加测效果提示，E组和C组14个DEGs的展现平均水平差别的有明显，其中的9个为上涨DEGs，5个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现发展趋势与转录酚类化合物析效果一致性。

图3|血清质组的一定量浅析和效果核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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