
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应修饰语蛋白质组学产品,实现1000+艰深度掩盖位点验出,平衡显现有趣靶点,全方法生信数据分析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“看见”到“印证”全步骤精准服务,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、研究标准流程
02、实际动态数据
03、经“点”复现
在实测值的数据中,检测出许多学术论文中新闻稿的经典爱情靶点还有衣康酸呈现位点,如一、个被发展的衣康酸共价呈现核血清质KEAP1,还有糖酵解信号通路中的3个要素性酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,并且炎性小体组合核血清质NLRP3和血细胞损伤期间中的要素性核血清质RIPK3等,其质谱图下列图如下。
04、的产品优点和缺点
1.多大质控
业务化特男人电极孵育、SDS-PAGE测试、WB安全验证、范例涉及到性具体分析等双周边所有地方测试,保障内容的结果靠得住性。2.高能力质谱器材网上平台
在Orbitrap Astral全新最新一代高辨别好坏质谱仪提升下,确保衣康酸性反应淡化位点及血清评定新深度1,注力科学学科研新感觉。3.全具体流程站台式工作
依托于拜谱生物工程成熟的实验所服务保障平台,可出具“上皮细胞陪养→探头孵育→WB加测→什么难以理解的度衣康酸性反应突显加测→专属密码生信浅析→目标位点PRM核实”全标准流程服务保障,省时省时省力更省钱。05、讲解东西(局部)
06、运用方法
PART 2、文章分享视频
论文资料一
日语关键词:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
英文版标题文字:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
研发东西:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
参考文献二
英文字母标题文字:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文翻译子标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
设计内部:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、的例子产生设想
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13享有较差的底物依照功能,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物制品衣康酸性反应突显组测试数据表格数据表格中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康过酸呈现(如下所述图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱工作小结
用作TCA循环往复中的中央细胞分解分泌物,衣康酸调结细胞分解分泌、免疫抗体系统力和支原体感染两者之间的互为角色,为医疗免疫抗体系统力支原体感染性常见病症具备了了充当医疗机制。衣康酸架构中的亲电性α,β-不饱满羧酸架构能对球脂肪酸上的活力性半胱氨酸残基实现烷基化突显(迈克尔加的发生反应),这一项翻意后突显被誉为“衣康酸突显(itaconation)”,于是会影响球脂肪酸功能表,自我调节免疫抗体系统力回复和细胞分解分泌有效途径,为多样常见病症药材科研开发具备了新想法。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康碱化呈现蛋清组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物中医药学丝毫定量分析靶向疗法代谢率组(QMT1000)或能源新陈代谢转化靶向药物新陈代谢转化组好产品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
参阅论文
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.